วัดราชบูรณะอยู่เชิงสะพานป่าถ่าน ตรงข้ามวัดมหาธาตุ สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 (เจ้าสามพระยา) โปรดเกล้าฯให้สร้างขึ้นเมื่อพ.ศ.1967 ณ บริเวณที่ถวายพระเพลิงเจ้าอ้ายพระยากับเจ้ายี่พระยาซึ่งชนช้างกันจนถึงแก่ พิราลัยและโปรดเกล้าฯให้ก่อเจดีย์ 2 องค์บริเวณนั้น

วัดนี้และวัดมหาธาตุเมื่อคราวเสียกรุงถูกไฟไหม้เสียหายมาก ซากที่เหลืออยู่แสดงว่าวิหารและส่วนต่างๆ ของวัดนี้ใหญ่โตมาก วิหารหลวงมีขนาดยาว 63 เมตร กว้าง 20 เมตร ด้านหน้ามีบันไดขึ้น 3 ทาง ที่ผนังวิหารเจาะเป็นบานหน้าต่าง ปัจจุบันยังปรากฏซากของเสาพระวิหารและฐานชุกชีพระประธานเหลืออยู่ พระปรางค์ประธาน เป็นศิลปะอยุธยาสมัยแรกซึ่งนิยมสร้างตามแบบสถาปัตยกรรมขอมที่ให้พระปรางค์ เป็นประธานของวัด ช่องคูหาของพระปรางค์มีพระพุทธรูปยืนปูนปั้นประดิษฐานช่องละ 1 องค์ องค์ปรางค์ประดับด้วยปูนปั้นรูปครุฑ ยักษ์ เทวดา นาค พระปรางค์องค์นี้มีลวดลายสวยงามมาก ภายในกรุปรางค์มีห้องกรุ 2 ชั้น สามารถลงไปชมได้ ชั้นบนมีภาพจิตรกรรมฝาผนังเลือนลาง ชั้นล่างซึ่งเคยเป็นที่เก็บเครื่องทอง มีภาพจิตรกรรมเขียนด้วยสีแดงชาดปิดทองเป็นรูปพระพุทธรูปปางลีลาและปางสมาธิ รวมทั้งรูปเทวดาและรูปดอกไม้ เมื่อพ.ศ.2500 คนร้ายได้ลักลอบขุดโบราณวัตถุที่ฝังไว้ในกรุปรางค์ประธานวัดราชบูรณะ โดยขุดเจาะจากพื้นคูหาเรือนธาตุลงไปพบห้องที่ฝังโบราณวัตถุ 2 ห้อง ต่อมาทางราชการติดตามจับคนร้ายและยึดโบราณวัตถุได้เพียงบางส่วน โบราณวัตถุในกรุพระปรางค์วัดราชบูรณะทำด้วยทองคำ สำริด หิน ดินเผาและอัญมณี เมื่อกรมศิลปากรขุดแต่งพระปรางค์วัดราชบูรณะต่อ ได้นำโบราณวัตถุที่มีค่าไปเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา ซึ่งสร้างโดยเงินบริจาคจากการนำพระพิมพ์ขนาดเล็กที่ได้จากกรุนี้มาจำหน่าย เป็นของชำร่วย
วัดพระศรีสรรเพชญตั้งอยู่ทางทิศเหนือของวิหารพระมงคลบพิตร เป็นวัดสำคัญที่สร้างอยู่ในพระราชวังหลวงเทียบได้กับวัดพระศรีรัตนศาสดาราม แห่งกรุงเทพมหานครหรือวัดมหาธาตุแห่งกรุงสุโขทัย ในสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง)ทรงสร้างพระราชมณเฑียรเป็นที่ประทับบริเวณนี้ ต่อมาสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงย้ายพระราชวังขึ้นไปทางเหนือและอุทิศที่ดิน เดิมให้สร้างวัดขึ้นภายในเขตพระราชวังและโปรดเกล้าฯให้สร้างเขตพุทธาวาสขึ้น เพื่อเป็นที่สำหรับประกอบพิธีสำคัญต่างๆ จึงเป็นวัดที่ไม่มีพระสงฆ์จำพรรษา
วัดใหญ่ชัยมงคลเดิมชื่อวัดป่าแก้วหรือวัดเจ้าพระยาไท ตั้งอยู่ทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำป่าสัก จากกรุงเทพฯเข้าตัวเมืองอยุธยาแล้วจะเห็นเจดีย์วัดสามปลื้ม(เจดีย์กลางถนน) ให้เลี้ยวซ้ายตรงไปประมาณ 1 กิโลเมตร จะเห็นวัดใหญ่ชัยมงคลอยู่ทางซ้ายมือ วัดนี้ตามข้อมูลประวัติศาสตร์สันนิษฐานว่าพระเจ้าอู่ทองทรงสร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ.1900

สำหรับเป็นสำนักของพระสงฆ์ซึ่งไปบวชเรียนมาแต่สำนักพระวันรัตน์มหาเถรใน ประเทศลังกา คณะสงฆ์ที่ไปศึกษาพระธรรมวินัยเรียกนามนิกายในภาษาไทยว่า “คณะป่าแก้ว” วัดนี้จึงได้ชื่อว่า วัดคณะป่าแก้ว ต่อมาเรียกให้สั้นลงว่า “วัดป่าแก้ว” ต่อมาคนเลื่อมใสบวชเรียนพระสงฆ์นิกายนี้ พระราชาธิบดีจึงตั้งอธิบดีสงฆ์นิกายนี้เป็นสมเด็จพระวันรัตน์มีตำแหน่งเป็น สังฆราชฝ่ายขวาคู่กับพระพุทธโฆษาจารย์เป็นอธิบดีสงฆ์ฝ่ายคันถธุระมีตำแหน่ง เป็นสังฆราชฝ่ายซ้าย หลังจากนั้นได้เปลี่ยนชื่อเป็น “วัดเจ้าพระยาไท” สันนิษฐานว่ามาจากที่สมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 ทรงสร้างวัดป่าแก้วขึ้น ณ บริเวณที่ซึ่งได้ถวายพระเพลิงพระศพของเจ้าแก้วเจ้าไทหรืออาจมาจากการที่วัด นี้เป็นที่ประทับของพระสังฆราชฝ่ายขวา ซึ่งในสมัยโบราณเรียกพระสงฆ์ว่า “เจ้าไท” ฉะนั้นเจ้าพระยาไทจึงหมายถึงตำแหน่งพระสังฆราช
ในปีพ.ศ. 2135 เมื่อสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงทำศึกยุทธหัตถีชนะพระมหาอุปราชแห่งพม่าที่ ตำบลหนองสาหร่าย เมืองสุพรรณบุรี ทรงสร้างพระเจดีย์ใหญ่ขึ้นที่วัดนี้เป็นอนุสรณ์แห่งชัยชนะ การสร้างพระเจดีย์อาจสร้างเสริมพระเจดีย์เดิมที่มีอยู่หรืออาจสร้างใหม่ทั้ง องค์ก็ได้ ไม่มีหลักฐานแน่นอน ขนานนามว่า “พระเจดีย์ชัยมงคล”แต่ราษฎรเรียกว่า “พระเจดีย์ใหญ่” ฉะนั้นนานวันเข้าวัดนี้จึงเรียกชื่อเป็น “วัดใหญ่ชัยมงคล” วัดนี้ร้างไปเมื่อคราวเสียกรุงครั้งสุดท้าย และเพิ่งจะตั้งขึ้นเป็นวัดที่มีพระสงฆ์อยู่จำพรรษาเมื่อไม่นานมานี้ นอกจากนี้ยังมี วิหารพระพุทธไสยาสน์ สร้างในสมัยสมเด็จพระนเรศวร เพื่อเป็นที่ถวายสักการะบูชาและปฏิบัติพระกรรมฐาน ปัจจุบันมีการสร้างพระตำหนักสมเด็จพระนเรศวรมหาราช มีผู้นิยมไปนมัสการอย่างสม่ำเสมอเป็นจำนวนมาก
วัดมหาธาตุ
ตั้งอยู่เชิงสะพานป่าถ่าน ทางทิศตะวันออกของวัดพระศรีสรรเพชญ์ พงศาวดารบางฉบับกล่าวว่าวัดนี้สร้างในสมัยสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 1 ต่อมาสมเด็จพระราเมศวรโปรดเกล้าฯ ให้อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุไว้ใต้ฐานพระปรางค์ประธานของวัดเมื่อ พ.ศ.1927 พระปรางค์วัดมหาธาตุถือเป็นปรางค์ที่สร้างในระยะแรกของสมัยอยุธยาซึ่งได้รับ อิทธิพลจากปรางค์ขอม ชั้นล่างก่อสร้างด้วยศิลาแลงแต่ที่เสริมใหม่ตอนบนเป็นอิฐถือปูน สมเด็จพระเจ้าปราสาททองได้ทรงปฏิสังขรณ์พระปรางค์ใหม่โดยเสริมให้สูงกว่า เดิม แต่ขณะนี้ยอดพังลงมาเหลือเพียงชั้นมุขเท่านั้น จึงเป็นที่น่าเสียดายเพราะมีหลักฐานว่าเป็นปรางค์ที่มีขนาดใหญ่มากและก่อ สร้างอย่างวิจิตรสวยงามมาก เมื่อพ.ศ. 2499 กรมศิลปากรได้ขุดแต่งพระปรางค์แห่งนี้ พบของโบราณหลายชิ้น ที่สำคัญคือ ผอบศิลา ภายในมีสถูปซ้อนกัน 7 ชั้น แบ่งออกเป็น ชิน เงิน นาก ไม้ดำ ไม้จันทร์แดง แก้วโกเมน และทองคำ ชั้นในบรรจุพระบรมสารีริกธาตุและเครื่องประดับอันมีค่า ปัจจุบันพระบรมสารีริกธาตุนำไปประดิษฐานไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา สิ่งที่น่าสนใจในวัดอีกอย่างคือ เศียรพระพุทธรูปหินทราย ซึ่งมีรากไม้ปกคลุมเข้าใจว่าเศียรพระพุทธรูปนี้จะหล่นลงมาอยู่ที่โคนต้นไม้ ในสมัยเสียกรุงจนรากไม้ขึ้นปกคลุมมีความงดงามแปลกตาไปอีกแบบ
วัดภูเขาทองตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ ห่างจากพระราชวังหลวงไปประมาณ 2 กิโลเมตร สามารถใช้เส้นทางเดียวกับทางไปจังหวัดอ่างทอง ทางหลวงหมายเลข 309 กิโลเมตรที่ 26 จะมีป้ายบอกทางแยกซ้ายไปวัดนี้ วัดภูเขาทองนี้หนังสือคำให้การชาวกรุงเก่ากล่าวว่า พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองเป็นผู้สร้างเมื่อพ.ศ. 2112 คราวยกทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา ในเวลาที่ประทับอยู่พระนครศรีอยุธยาได้สร้างพระเจดีย์ภูเขาทองใหญ่แบบมอญ ขึ้นไว้เป็นที่ระลึกเมื่อคราวรบชนะไทย โดยรูปแบบของฐานเจดีย์มีลักษณะคล้ายกับแบบมอญพม่า สันนิษฐานว่าสร้างเจดีย์องค์นี้ขึ้นเพื่อชัยชนะแต่ทำได้เพียงรากฐาน แล้วยกทัพกลับ ครั้งสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงกอบกู้เอกราชกลับคืนมาเมื่อพ.ศ. 2127 จึงโปรดเกล้าฯให้สร้างเจดีย์แบบไทยไว้เหนือฐานแบบมอญและพม่าที่สร้างเพียง รากฐานไว้ ณ สมรภูมิทุ่งมะขามหย่อง ฝีมือช่างมอญเดิมจึงปรากฏเหลือเพียงฐานทักษิณส่วนล่างเท่านั้น เจดีย์ภูเขาทองจึงมีลักษณะสถาปัตยกรรมสองแบบผสมกัน ปัจจุบันกรมศิลปากรได้สร้างพระบรมราชานุสาวรีย์สมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงม้า บริเวณด้านหน้าวัดภูเขาทอง